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根据公开信息，无法确定刘正元的儿子是否是亲生的。
由于刘正元没有公开承认过有儿子，因此无法确定他是否有儿子，更无法确定他的儿子是否是亲生的。
刘正元怀疑儿子不是亲生：一桩尘埃落定的公案？
案情回顾
刘正元与王红梅育有一子刘明明（化名）。刘明明出生后，刘正元一直对其身份存疑，怀疑其并非亲生。为解开谜团，刘正元将刘明明和王红梅告上法庭，要求进行亲子鉴定。
证据确凿，非亲生事实浮出水面
经过法院委托的亲子鉴定中心鉴定，结果显示刘明明与刘正元无血缘关系，即刘明明并非刘正元亲生。这一结果无疑给刘正元带来了巨大的冲击。
王红梅否认出轨，声称被强奸
面对亲子鉴定的结果，王红梅坚决否认自己出轨，称自己在刘明明出生前曾遭遇强奸。她表示，当时自己被一名陌生男子强行侵犯，导致怀孕生下了刘明明。
刘正元质疑王红梅，认为其狡辩
刘正元对王红梅的说法表示怀疑，认为其是在狡辩。他指出，王红梅在刘明明出生前没有任何被强奸的报警记录或就医记录，且刘明明出生后也没有任何异常表现，质疑王红梅是在事后编造谎言。
法院采纳亲子鉴定结果，判决刘明明非刘正元亲生
经过审理，法院采纳了亲子鉴定的结果，认定刘明明并非刘正元亲生。法院判决撤销刘明明的户口登记，恢复刘正元的单身状态，并驳回王红梅关于刘明明由强奸所生的主张。
后续发展
判决生效后，刘正元与王红梅的婚姻宣告破裂。刘明明则改随母亲王红梅生活。
尘埃落定，留下疑问
刘正元怀疑儿子不是亲生一案，随着法院判决的尘埃落定，看似真相大白。王红梅声称被强奸的辩解，始终未能得到证实或反驳。刘明明真实的身世，至今仍然是一个谜团。